V súčasnej dobe Spojená škola Trnava sídli v budove predtým existujúcej ŠZŠ a PrŠ v Trnave a v samostatnom pracovisku ZŠ pri zdravotníckom zariadení, Žarnova 11, Trnava. Priestory ZŠ pri zdravotníckom zariadení sú v priestoroch Fakultnej nemocnice Trnava, ktoré sú zmluvne viazané a prenajaté, kde vyučovací proces prebieha priamo na oddeleniach nemocnice, kde sú deti hospitalizované.

Cieľom a zmyslom zriadenia nového typu špeciálnej školy, ktorá vznikla zlúčením troch predtým existujúcich právnych subjektov je zabezpečiť kompletnú výchovno-vzdelávaciu starostlivosť pre žiakov a klientov vo veku 3 až 30 rokov v jednej vzdelávacej a výchovnej inštitúcii.

Súčasťou je:

• Špeciálna základná škola s materskou školou;
• Praktická škola;
• Základná škola pri zdravotníckom zariadení;