SŠ v Kežmarku vznikla 1. septembra 1980. Pod názvom Osobitná škola sídlila na Námestí požiarnikov č. 28. Boli vytvorené 4 triedy od 1.- 7. ročníka. K ním patrili 2 elokované triedy v obciach Ľubica a Rakúsy. Vedením školy bola poverená Mgr. Mária Ivanová (rod.Bednarčíková). Učiteľský zbor tvorilo 6 učiteliek. Pri škole sa zriadili 4 oddelenia školského klubu s výchovnou činnosťou, ktoré mali na starosti 4 vychovávateľky. Nasledujúce obdobie fungovala škola v spomínanej podobe.

V budove na Kostolnom námestí (bývalé Námestie požiarnikov) bola v roku 1985 otvorená školská knižnica sprístupnená učiteľom aj žiakom, v ktorej sme našli literatúru rôzneho žánru. Významným medzníkom pre školu bolo pridelenie druhej budovy na ulici Toporcerova 8, kde boli umiestnené ročníky 5. až 9. Postupne sa vybudovali, neskôr zrekonštruovali dielne, malá telocvičňa s relaxačným kútikom a malou fitness miestnosťou, kuchynka, multimediálna trieda, počítačové učebne, biblioterapeutická učebňa.

1. január 1997 bol pre 29 špeciálnych škôl v Prešovskom kraji prelomovým. Vznikom krajských úradov prešli všetky špeciálne školy podľa zákona zo správy okresných úradov pod správu a riadenia krajských úradov. Príchodom nového roka sa tieto školy stali právnymi subjektmi so všetkými pracovno-právnymi a hospodárskymi právami a povinnosťami. Ekonomickú agendu školy, všetky finančné, hospodárske a mzdové operácie realizuje ekonomické pracovisko, ktoré je zriadené pri SŠ v Kežmarku.

V súčasnosti patria k škole budovy na Kostolnom námestí 28 a na Toporcerovej 8, kde poskytuje výchovu a vzdelávanie žiakom s mentálnym, viacnásobným postihnutím a autizmom s ďalšími pervazívnymi poruchami vo vyučovacích variantoch A,B,C. Súčasťou školy je školský klub detí.