Počas viac ako 20-tich rokov existencie,  prešla Spojená škola viacerými významnými zmenami. Situácia vo vzdelávaní žiakov mentálnym postihnutím v miestnej základnej škole si vynútila, aby rozhodnutím Odboru školstva v Bardejove od 1. septembra 1989 boli zriadené dve elokované triedy, ktoré boli súčasťou Osobitnej školy v Bardejove. Škola zabezpečovala výchovu a vzdelávanie 24 žiakom s rôznym druhom postihnutia, ktorú uskutočňovali traja pedagogickí a jeden nepedagogický zamestnanec v priestoroch terajšieho Kultúrneho domu v Giraltovciach. Pôsobenie v týchto priestoroch trvalo tri roky.

V roku 1991 sa elokované triedy presťahovali do priestorov bývalého Janovičovho domu, dnes priestorov súkromnej firmy LUDUS, kde sme pôsobili až do roku 1995.

Školský rok 1995/1996 bol významným rokom pre existenciu školy.Škola bola zaradená do siete osobitných škôl a tak sa nový školský rok začínal pod novým vedením. Počet žiakov sa zvýšil na 40, počet učiteľov na štyroch. ŠKD pracovala v dvoch oddeleniach. Do prevádzky bola daná aj školská jedáleň s kapacitou 60 stravníkov.

Od roku 1997, územnosprávnym členením škola prešla pod Krajský úrad – Odbor školstva, mládeže a telesnej kultúry v Prešove a začína pracovať ako rozpočtová organizácia s právnou subjektivitou. Pod týmto vedením škola pracovala do roku 2004. Počet žiakov každoročne pribúdal a pribúdali aj pedagogickí a nepedagogickí zamestnanci.

V roku 2004 sa mení vedenie školy, škola je plne organizovaná s počtom žiakov 56 a s 12-timi pedagogickými a piatimi nepedagogickými zamestnancami. V tomto roku sme začali s jednou triedou s počtom žiakov 5 s ťažkým mentálnym postihnutím, ktorí sú klientmi Domova sociálnych služieb v Giraltovciach. Žiaci sa vzdelávajú skupinovo alebo podľa individuálneho programu, podľa učebných plánov s variantmi A, B a C, ktoré zohľadňujú zdravotný stav dieťaťa a jeho aktuálne edukačné možnosti.

V roku 2006 vzniká elokované pracovisko (Regionálnom centre pre zdravotne postihnutú mládež) v  rekonštruovaných priestoroch, ktoré patria mestu Giraltovce. Vzdelávajú sa tam deti od pásma ľahkej mentálnej retardácie až po najťažšie mentálne postihnutia, ktoré sú v kombinácii s inými postihnutiami (telesnými, sluchovými, zrakovými, autizmus, Downov syndróm).

Od 1. 9. 2007 do systému špeciálnych škôl patrí i Praktická škola na Ulici kapitána Nálepku, ktorá je súčasťou Špeciálnej základnej školy.

Škola prešla zatial poslednou zmenou názvu. Od 1. 1. 2009 sa zmenil na Spojenú školu, ktorej súčasťou sú dve organizačné zložky: Špeciálna základná škola a Praktická škola.