Pobyt dieťaťa v DgC trvá nevyhnutne potrebný čas na stanovenie diagnostiky, spravidla tri mesiace, alebo počas trvania neodkladného a výchovného opatrenia.

V DgC je zriadené záchytné oddelenie a karanténna miestnosť. V záchytnom oddelení riaditeľ umiestni dieťa pohybujúce sa nepovolene mimo zariadenia, do ktorého bolo umiestnené podľa odseku 1 a § 122 ods. 2 zákona č. 245/2008 Z.z. Ak si do 24 hodín príslušné zariadenie alebo zákonný zástupca dieťa neprevezme, riaditeľ diagnostického centra zabezpečí odovzdanie dieťaťa príslušnému zariadeniu alebo jeho zákonnému zástupcovi na náklady prijímajúcej strany.

Základnou organizačnou jednotkou DgC je diagnostická skupina, ktorá je zriadená pre najviac osem detí.

V DgC sa vyučovanie realizuje v diagnostických triedach pre žiakov základnej a špeciálnej základnej školy.