Oddelenie laboratórnej medicíny vzniklo v máji 2005 zlúčením laboratórnych pracovísk UNLP (klinickej biochémie, klinickej imunológie a alergológie, hematologického a mikrobiologického oddelenia SVLZ). Od jeho vzniku prešlo viacerými zmenami. V súčasnosti oddelenie pozostáva zo šiestich pododdelení – klinickej biochémie, klinickej hematológie, klinickej imunológie a alergológie, lekárskej genetiky, klinickej toxikológie a klinickej farmakológie. V areáli na Rastislavovej ulici je zriadené statimové laboratórium, kde sa realizujú statimové hematologické a biochemické vyšetrenia. Ostatné vzorky sa zvážajú na pracoviská na Triede SNP. Súčasťou oddelenia sú aj ambulancie: hematologická, imuno-alergologické a lekárskej genetiky.