Hipoterapia je veľmi vhodnou rehabilitačnou metódou najmä pre deti s poruchami koordinácie (detské mozgové obrny), s nervovo-svalovými ochoreniami, pri ktorých sú svaly oslabené alebo veľmi stiahnuté. U dospelých sa v kúpeľoch účinne využíva hipoterapia pri liečbe sklerózy multiplex.